一、本會任務如下：
 （一）關於高屏溪流域整體治理計畫之策劃、協調及追蹤管制事項。
 （二）關於高屏溪流域內重大開發經建計畫之協調、諮詢事項。
 （三）高屏溪流域內有關河川防汛之協調、推動事項。
 （四）高屏溪流域內有關污染及生態環境之防護、協調事項。
 （五）高屏溪河川區域內有關違法案件稽查、取締之執行、協調事
       項。
 （六）其他有關高屏溪流域管理及協調事項。
二、本會設綜合企劃組、管理組及聯合稽查大隊，分別掌理前點所列
    事項，並得分科辦事；另設行政室，辦理本會人事、會計、總務
    、政風等行政工作。